Rond 1986 ontstonden de eerste ideeën voor de restauratie en herbouw. Eerst moest veel onderzoek naar de vroegere situatie worden gedaan. Gegevens, verkregen door opmeting, konden in de loop van dit onderzoek worden aangevuld met waardevol fotomateriaal. Een vergelijking van de restanten van 1986 met deze foto’s toonde het verval en verlies van veel waardevol historisch materiaal. Een lange periode van planning brak aan. In 1990 werden de plannen bij de Gemeente Middelburg ingediend.
Met steun van de Gemeente Middelburg, de Provincie en vele kleine en grote donateurs is in november 1994 de synagoge herbouwd en gerestaureerd. Vijftig jaar na de grote verschrikking heeft de Joodse Gemeente Zeeland weer een eigen dak boven het hoofd.
Het exterieur van de synagoge en het mikwa (ritueel bad), d.w.z. het muurwerk, de kozijnen, ramen en het dak zijn historisch verantwoord aangevuld in de vorm, waarin de gebouwen tot aan de verwoesting hebben bestaan.
Er is niet gestreefd naar het terugbrengen van het volledig verloren gegane interieur. Op deze manier is de breuk met het verleden zichtbaar en vertellen de gebouwen het verhaal van de verwoesting op hun eigen manier. Wel is er naar gestreefd de meest wezenlijke onderdelen voor het karakter en het funktioneren van deze Asjkenasische synagoge aan te brengen.Essentieel in het gebruik zijn de vrouwengalerij, die een strikte scheiding tussen mannen en vrouwen vanaf de entree mogelijk maakt de Aron Hakodesj (Heilige Arke), waarin de torarollen worden bewaard en de Biema als centrale ver hoging, vanwaaruit de tora wordt voorgelezen.